Les matières premières entrantes ont besoin d'être analysées avant d'entrer dans le processus de fabrication d'un produit.
Tout au long de la fabrication d'un aliment, les microorganismes peuvent être détruits (cuisson,…) ou stressés.
Dans certains processus de fabrication, des microorganismes technologiques sont ajoutés (pour la fermentation,…)
Le microbisme du produit fini doit être analysé incluant la flore d'altération, la présence de pathogènes et de toxines.
